О.Иоанн был женат. Жена — Анна Михайловна, урожденная Никольская (1883г.р.). В семье были дети: Николай (1905г.р.), Сергей (1910г.р., умер в 1924г.), Наталия (1912г.р.), Вера (1918г.р.). У о.Иоанна был брат Сергей Сергеевич Лихачев (1870г.р.), священник с.Ильинское Калужского уезда Калужской губ. (умер в 1914г.) и брат Василий Сергеевич Лихачев После революции продолжал заниматься с детьми в церковной сторожке. Обучал детей церковно-славянскому языку. О.Иоанн был музыкален, учил церковному пению, руководил церковным хором