К началу 1930-х гг. в храме Спаса-на-Водах трудами и молитвами о.Владимира организовалась настоящая активная приходская жизнь для тех, кто хотел сюда прийти. Церковь эта стала объединителем и утешителем людей, самых разных по своему жизненному опыту, сфере деятельности, интересам, социальному статусу. Одной из его прихожанок была Анна Андреевна Ахматова. Приход Спаса-на-водах оставался "непоминающим" до 1931 г., а затем в храме начали поминать власти и митрополита Сергия. К этому времени целый ряд прежних членов "двадцатки" был репрессирован, и их сменили новые люди. А.П.Алявдин, Е.Н.Карцова и С.С.Абрамович-Барановский были арестованы еще в 1929г., осуждены и отправлены в лагерь или ссылку. До середины 1929г. открыто общину не преследовали. С лета 1929г. представители советской власти возобновили свое давление. Начались допросы с запугиванием. 3 июня 1929г. специальная комиссия Леноблисполкома тщательно проверила все стороны деятельности церковной общины, стараясь выявить какие-либо нарушения законов. В составленном по итогам проверки акте отмечалось, что "двадцатка в большинстве состоит из интеллигенции тихоновского толка", но "раскола...не установлено". Путем опроса членов приходского совета и просмотра протоколов его заседаний комиссия пыталась установить факт отделения общины от Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия, но естественно уличить прихожан в этом не смогла. С начала 1930г. жесткая политика властей привела к тому, что некоторые члены "двадцатки" вынуждены были отказаться от храма. Бессменный ее председатель дворянка О.С.Горданова (дочь генерала, в прошлом медсестра), протоиерей Владимир Рыбаков и еще несколько человек оставались стойкими защитниками храма. На смену выбывшим членам приходского совета пришли новые, запугать которых не удалось. В мае 1930г. прихожане подали заявление о перерегистрации их религиозного общества, но решение вопроса затянулось. Проведенная 13 июня 1930г. проверка имущества существенных недостатков не выявила, в этот день была составлена новая инвентарная опись, куда внесли поступившие в храм в последнее время предметы. Еще 13 мая представители райисполкома провели технический осмотр здания и потребовали проведения ремонтных работ. Почти все они были выполнены в течение лета — осени. 15 декабря 1930г. приходскому совету, наконец, выдали удостоверение о регистрации общества верующих при церкви. Однако храм был обречен, потому что в Ленинграде в первую очередь сносили церкви, построенные в так называемом псевдорусском стиле, и даже искусствоведы старой школы спешили признать их нелепыми для исторического Петербурга. Уничтожение церкви ускорило обращение администрации соседнего судостроительного завода в райсовет от 3 сентября 1931г.:
    "На территории нашего завода "Судомех", бывшего "Новое Адмиралтейство",
     находится церковь бывшего морского ведомства, построенная в память
     Цусимского боя. В данное время эта небольшая церковь закрыта [что являлось
     ложью], и при ней живут лица не имеющие отношения к заводу, как-то:
     поп, сторожа и их семьи. В данное время уже приступлено к генеральной
     реконструкции нашего завода, к постройке новых цехов и мастерских,
     ... к прокладке заводских железнодорожных путей... Последние должны
     пройти по месту расположения названной церкви, и на ее территории
     намечено строить заводские постройки подсобного характера.
     В связи с этим в настоящее время наступила крайняя необходимость сноса
     этой церкви с территории завода. В период 1930–31 гг. коллектив рабочих
     завода неоднократно возбуждал ходатайство о передаче этой церкви под
     заводской клуб или столовую, но в данное время этого недостаточно,
     необходим полный снос церкви...а потому,...идя навстречу требованиям
     рабочих завода, бюро партколлектива ВКП(б), дирекция и завком просит
     президиум райсовета... вынести решение о сносе указанной церкви
     с территории завода".
6 сентября 1931 г. районный инспектор по делам культов доложил в президиум Октябрьского райсовета:
     "...Так как церковь стоит на территории завода и мешает ему, то договор
      с 20-кой предлагается расторгнуть, церковь закрыть и использовать
      здание ее под культурные нужды завода".
2 декабря 1931г. состоялось заседание Президиума Ленсовета, подтвердившее заключение областной комиссии по вопросам культов от 29 октября относительно "церкви памяти моряков", находящейся на набережной Красного флота:
    "Постановление райсовета о ликвидации церкви утвердить. Здание передать
     заводу на слом с использованием материалов на строительные нужды".
17 декабря 1931г. О.С.Горданова написала ходатайство от имени верующих во ВЦИК об отмене постановления о сломе храма-памятника. В защиту церкви были собраны тысячи подписей горожан. 20 декабря "двадцатка" известила райсовет о подаче заявления во ВЦИК. Таким образом, закрытие Спаса-на-Водах было отсрочено, и еще два с половиной месяца в нем продолжались богослужения. 7 марта 1932г. со ссылкой на распоряжение Президиума ВЦИК верующим объявили, что их жалоба оставлена без последствий. Вскоре, весной того же 1932г. церковь взорвали. Согласно городскому преданию старые моряки на коленях просили 1-го секретаря Ленинградского горкома ВКП(б) С.М.Кирова сохранить здание храма, но это не помогло, и городское начальство во главе с Кировым наблюдало за взрывом с наб. Лейтенанта Шмидта на противоположном берегу Невы. Разрушение храма произошло на глазах у о.Владимира и художника Н.А.Бруни, который осуществлял там в свое время мозаичные работы. Подготовку к взрыву и взрыв они наблюдали из окна кабинета о.Владимира (Рыбаковы жили в доме при церкви). По воспоминаниям матушки Надежды, 80-летний Бруни рыдал навзрыд, а о.Владимир закрыл лицо ладонями. Городская легенда гласит, что доски с именами погибших моряков были брошены на дно Невы. Часть центрального купола с мозаичным ликом Спаса Пантократора была выброшена взрывом на дно Новоадмиралтейского канала изображением вверх, причем мозаика чудом практически не пострадала. Живший неподалеку известный ленинградский писатель моряк Виктор Конецкий в одном из своих рассказов писал, что лик Христа некоторое время просвечивал сквозь воду, а затем вдруг исчез. Лишь около десяти лет назад стало известно о подвиге сотрудника Русского музея Морозова, который спас мозаичный образ из купола (весом около одной тонны), организовав его подъем со дна канала и перевозку в музей. Туда же были доставлены и три мозаики (каждая весом более 200 кг), изготовленные в 1915г. в мастерской Академии Художеств по эскизам знаменитого художника В.М.Васнецова, и вставленные в металлических рамах в стены храма. Эти мозаики, фактически в тайне, более 60 лет хранились в подвалах Русского музея, пока не были обнаружены при разборке помещения в 1995 г., повернутыми изображением к стене. В настоящее время спасенные, возможно с риском для жизни, Морозовым и другими сотрудниками музея мозаики временно находятся на выставке в Военно-Морской Академии имени адмирала Н.Г.Кузнецова. Судьбы прихожан и священнослужителей церкви Христа Спасителя сложились, как правило, трагически. Председатель приходского совета О.С.Горданова уже в 1932 г. была арестована и по обвинению в контрреволюционной деятельности сослана в Алма-Ату. В начале 1933г. органы ОГПУ арестовали и отправили в концлагерь активных прихожан Спаса-на-Водах бывших морских офицеров Н.А.Корнилова и А.Г.Галкина