В Санкт-Петербурге о.Владимир поступил в Духовную Академию. Поселились они с супругой на Старо-Невском пр-те в маленькой квартирке, недалеко от Александро-Невской Лавры. В 1908г., на день свт.Кирилла и Мефодия, у них родилась дочь Нина, единственное их дитя, вымоленное у Бога. Кроме академических занятий, о.Владимир преподавал Закон Божий. Он посещал также вечерние классы Академии Художеств, писал картины маслом. В 1911г. о.Владимир закончил Духовную Академию со степенью кандидата богословия вторым по списку — одним из первых выпускников и был оставлен при академии профессорским стипендиатом

С 26 февраля по 1 августа 1908г. исполнял обязанности священника в церкви "Утоли моя печали" при детском приюте принца П.Г.Ольденбургского

После окончания Духовной Академии летом 1911г. о.Владимир был определен на должность инспектора Могилевской Духовной Семинарии. В том же 1911 году 16 сентября протопресвитер военного и морского духовенства назначил о.Владимира настоятелем храма Христа Спасителя (Спаса-на-Водах) на Английской набережной

Храм Спаса-на-Водах являлся памятником русским морякам, погибшим в Русско-Японскую войну, был только что построен на Английской набережной и в июле 1911г. освящен. Комитет по строительству храма состоял под августейшим покровительством Императрицы Александры Федоровны. Создан был храм за 2 года. Собирали деньги на строительство храма всем миром: были частные пожертвования, начиная с Царской семьи и кончая "двумя лептами бедной вдовы", большой взнос сделала Дума. Организовали также однодневный кружечный сбор по русским православным приходам всего мира. В строительстве и украшении храма принимали участие лучшие силы: архитектор М.М.Перетяткович, инженер Н.Н.Смирнов, академик живописи Н.А.Бруни, великий русский художник В.А.Васнецов и др., причем делалось все это безвозмездно. На освящении храма присутствовали Император Николай II, Императрица Александра Федоровна и митрополит Санкт-Петербургский (позже Киевский) Владимир. В том же 1911г. за высокие достижения в учебе о.Владимир получил годичную заграничную командировку, чтобы собрать материал для магистерской диссертации о св.прп.Иосифе Сикериоте. 1911–1912гг. он провел в Константинополе, на Афоне, в Иерусалиме, Риме. Был одним из главных действующих лиц при встрече Патриарха Антиохийского в 1912г. Магистерскую диссертацию о.Владимир защитил до 1914г.