С 16 сентября 1906г. служил настоятелем Свято-Троицкой церкви в Ростовском-на-Дону округе Донской епархии. Законоучитель Гниловской Троицкой церковно-приходской школы и Гниловского приходского Александровского училища, а также заведующий Беляевской школы грамоты. 18 сентября 1910г. о.Илия Попов вместе со своими братьями — диаконом хут.Веселого Михаилом Поповым и преподавателем Донского епархиального училища священником ст-цы Владимирской Николаем Поповым, участвовал в торжественном праздновании 50-летнего юбилея "честного и ревностного служения" своего отца, диакона Успенской церкви ст-цы Кочетовской Виктора Михайловича Попова. Об этом событии сообщалось в статье "Скромный юбилей" в журнале "Донские епархиальные ведомости". На юбилее сыновья особо отметили труды своего отца, направленные на то, чтобы несмотря на нужду, безвременную смерть их матери, дать должное воспитание и образование всем своим детям. В станице Гниловской о.Илия активно включился в строительство в верхней части станицы второго, Серафимовского храма в приходе Свято-Троицкой церкви: являлся членом Попечительства по его постройке, участвовал во всех делах по строительству храма и созданию нового прихода, начиная со сбора средств на строительство и заканчивая освящением храма 4 декабря 1911г. и получением разрешений на "открытие самостоятельного штата из священника и псаломщика" и на право "вести самостоятельное хозяйство". Указом от 20 февраля 1912г. Святейший Правительственный Синод разрешил открыть самостоятельный приход при Свято-Серафимовской церкви станицы Гниловской с причтом из священника и псаломщика на содержании за счет Попечительского Совета. 7 марта 1912г. о.Илия стал первым настоятелем этой церкви