Незаурядные способности студента Алексея Андроникова проявились в Костромской Духовной Семинарии. Один из первых студентов, окончивших курс в семинарии, Алексей скромно отказался от предстоящей блестящей дороги в Духовную Академию

Был рукоположен во священники и назначен настоятелем Борисо-Глебского храма

Его долголетие в качестве настоятеля поразительно: начав служить при Николае I, еще при крепостном праве, он служил при Александре II, Александре III, прослужив все царствование Николая II, всю эпоху Временного правительства и ушел из жизни уже при Ленине. А костромских губернаторов за 64 года службы о.Алексия в Борисоглебской церкви сменилось 15 человек. Служение в "губернаторской" церкви накладывало на о.Алексия свой отпечаток. Писатель В.Н.Иванов в своих воспоминаниях о Костроме упоминает и настоятеля храма Бориса и Глеба, у которого в прихожанах состоял сам губернатор. Седенький о.Алексий, возглашая во время службы обычное: "Мир всем!", всегда добавлял поглядывая в его сторону: "И вашему превосходительству". В августе 1858г. Кострому посетил император Александр II, проводя подготовку к отмене крепостного права. Он остановился в губернаторском доме, а супруга губернатора на это время разместилась в доме о.Алексия. Император, нанося визит губернаторше, посетил дом о.Алексия. В мае 1913г. во время торжеств, связанных с 300-летием романовской династии 80-ти летний, убеленный сединами протоиерей Алексий, выйдя с крестным ходом на встречу царя Николая II "...трепещущей от счастья десницей благословлял путь его следования".
Все юбилеи службы о.Алексия в Борисоглебском храме — 30-летие, 40-летие, 50-летие, и наконец, 60-летие — в сентябре 1914г. — отмечались очень торжественно. На праздничное богослужение заранее привозили главную святыню края — икону Феодоровской Божией Матери, в церкви пел архиерейский хор, на службу прибывал архиерей, обязательно присутствовал губернатор с супругой, прихожане подносили юбиляру дорогие подарки, все костромские губернаторы присылали поздравительные телеграммы и т.д. Во время празднования 60-летия церковного служения об о.Алексии сказали, что он "представляет беспримерное явление церковной жизни, полное духовной красоты и назидания. О.Алексий был образцовый служитель Святой Церкви и пользовался почитанием всех знавших его. Кто имел возможность видеть его обращение с семьей, тот не мог не налюбоваться его любезным и добросердечным отношением к домашним. О.Алексей питал особую ревность к церковной службе и совершал ее ежедневно, без пропуска. Когда в феврале 1918г. силы о.Алексия стали слабеть, то прихожане, не допуская мысли расстаться со своим любимым пастырем, учредили на свои средства должность второго священника и выразили о.Алексию желание видеть его до самой его смерти первенствующим служителем и предстоятелем пред престолом в своем приходском храме".
После революции 1917г. жизнь быстро менялась, ломался весь ее, сложившийся за столетия, уклад. В губернаторском доме, именуемом уже "домом Народа", разместился целый ряд революционных организаций. Таким образом эпицентр всех политических бурь весны, лета и осени 1917г. находился по соседству с храмом — через дорогу. Там же 29 октября 1917г. было провозглашено и установление советской власти в Костроме и губернии