С марта 1917г., после смерти известного киевского старца, иеромонаха Алексия (Шепелева), общепризнанным духовным авторитетом киевлян стала его духовная дочь, схиигуменья Михаила (Щелкина), к которой перешла его многочисленная паства. С установлением власти большевиков схиигуменья Михаила (Щелкина) отказалась признать богоборческую власть. С начала 1924г. Именным Указом Патриарха Тихона Киево-Печерской Лавре была предоставлена ставропигия при непосредственном подчинении в дальнейших действиях самому Патриарху. Этот Указ распространялся также на Феодосиевское и Воскресенское подворья, которыми управляла схиигуменья Михаила (Щелкина). С середины 1920-х гг. ближайшим помощником схиигуменьи стал о.Михаил (Костюк). В 1924г. Именным указом Патриарха Тихона он был назначен священноархимандритом Киево-Печерской Лавры "с правом ношения панагии, дикирия и трикирия". Указом Управляющего Киевской Епархии епископа Макария (Кармазина) от 30 октября 1924г., Киево-Печерская Лавра, Воскресенское и Феодосиевское подворья стали именоваться "Киевским Ставропигиальным монастырем". В декабре 1924г. Киево-Печерская Лавра, Феодосиевское и Воскресенское подворья, (т.е. Ставропигиальный монастырь), были закрыты. Однако монашествующие Ставропигиального монастыря в количестве примерно 200 человек после закрытия монастыря не разошлись, а поселились в Киеве, в частных домах и стали группироваться вокруг игумении Михаилы (Щелкиной). Таким образом, закрытый Ставропигиальный монастырь продолжал существовать, перейдя на нелегальное положение и сохраняя свое прежнее наименование. В будущем тайный Киевский Ставропигиальный монастырь представлял собой гигантскую монашескую конгрегацию, состоявшую из мужского и женского отделений. В 1939г. схиигумения Михаила скончалась, был совершен открыто чин погребения, притом в погребальной процессии участвовало множество людей, в том числе архимандрит Михаил (Костюк) и другие насельники монастыря. В ночь с 14 на 15 августа 1939г., когда на очередное поминовение схиигуменьи Михаилы собралось около тридцати человек, в дом схиигумении нагрянули чекисты и арестовали всех присутствующих. Аресты монашествующих и верующих продолжались в Киеве в течение трех дней. 17 февраля 1940 года обвиняемые были приговорены к различным срокам ИТЛ. Архимандрит Михаил также был задержан, но освобожден, т.к. назвался другой фамилией, и ему удалось скрыться в с.Зайцево Донецкой обл. к своим духовным чадам. В течение четырех месяцев он скрывался там, а в начале февраля 1940г. перебрался в Черниговскую обл., постоянно меняя места проживания по разным селам. Архимандрит Михаил был объявлен во всесоюзный розыск. В марте-мае 1940г. были арестованы четыре насельника монастыря, бывшие в розыске. 27 июля 1940г., все обвиняемые, как "участники нелегальной антисоветской церковно-монархической организации "Истинно-Православная Церковь", были приговорены к различным срокам лагерей. К маю 1940г. архимандрит Михаил (Костюк) вернулся в Киев и принял на себя руководство тайным монастырем. До начала войны аресты насельников монастыря в Киеве и по всей Украине продолжались, но архимандрит Михаил так и не был задержан. В начале 1941г. архимандрит Михаил перебрался в Ирпень, поселился в монастырском доме и там проводил тайные богослужения, согласно материалам дела, рукоположив во диакона, а затем и во иерея своего помощника, монаха Петра (Савицкого). В 1941г. с первых же дней немецкой оккупации Киева архимандрит Михаил из Ирпени вернулся в столицу. В доме на Садовой улице, где раньше проходили тайные богослужения, он освятил престол в честь Всех Святых, и с этого времени там стали служить открыто, а в покоях архимандрита Михаила была помещена икона Архистратига Михаила. Богослужения в домашней церкви Всех Святых проходили сначала без разрешения немцев, но монастырь ему удалось официально зарегистрировать у оккупационных властей в декабре 1941г. За год известность архимандрита Михаила среди верующих настолько возросла, что это вызвало сильнейшую ненависть правящего епископа Пантелеимона (Рудыка), перешедшего в юрисдикцию Автономной Церкви Западной Украины (позже он бежал с немцами). В марте 1943г. в гестапо пришел донос, в котором сообщалось, что Михаил Костюк — коммунист и партизан, имеет брата-коммуниста, занимающего в Москве высокий пост, и что в монастыре укрываются партизаны. В домах монастыря немцы провели три обыска, никого не нашли, однако сам архимандрит Михаил был арестован гестапо и лишь после долгого разбирательства освобожден. Причем владыке Михаилу пришлось оставить в гестапо заявление, в котором было написано: что он "обязуется при появлении партизан поставить в известность оккупационные власти". Хотя он ни разу ни о чем-таком в гестапо не заявлял, — это позднее для органов НКВД станет основанием для обвинения архимандрита в сотрудничестве с немцами. Богослужения в церкви Всех Святых привлекали все больше верующих, среди них были представители технической и творческой интеллигенции, профессура, увеличился поток верующих из провинции, привлеченных распространявшимися слухами об архимандрите Михаиле как целителе и святом старце. В конце каждой службы собирались пожертвования на монастырь — деньги и продукты, с каждым днем их собиралось все больше. Церковь не могла уже вмещать такого количества желающих. Тогда возникла у архимандрита Михаила идея строительства целого монастырского комплекса с вместительным храмом. Оккупационным властям было подано соответствующее заявление в обход правящего епископа Пантелеимона (Рудыка), который препятствовал строительству нового храма. Вскоре разрешение было получено. В мае 1943г. началось строительство нового храма. По указанию архимандрита Михаила к работе было привлечено все трудоспособное монашество, вместе с ними работала молодежь, освобожденная под этим предлогом от отправки в Германию приказом оккупационных властей, а также добровольные помощники. Строительный материал привозился на стройку на подводах, кирпичи доставляли на двух немецких автомашинах, выделенных властями. Большинство монахинь имели послушание — собирать пожертвования, продукты и деньги на строящийся храм по деревням и селам. И хотя храм еще не был достроен, но распространившиеся по Киеву в сентябре слухи о скорой сдаче Харькова и предстоящей эвакуации оккупационных властей, ускорили его открытие. 4 ноября 1943г., в день праздника Казанской иконы Божией Матери, в новом храме торжественно прошло первое богослужение в присутствии всех насельников монастыря и множества верующих. Крах монастыря надвигался вместе с приближением Красной армии — и архимандрит Михаил это понимал и готовился к нему. Предвидя бессудные расстрелы в первые дни после освобождения Киева от немцев, он дал указание заранее подготовить тайные убежища и до последнего дня делал все, чтобы спасти своих приверженцев и помощников, отправляя самых активных и известных или на Запад с немцами, или в дальние села. Церковную утварь и имущество монастыря по ночам прятали в подготовленные тайники в подвалах храма, во дворе и на огороде были закопаны овощи и продукты. Сам о.Михаил остался со своими духовными детьми, хотя его почитатели и насельники монастыря уговаривали его уйти с немцами. Представляя дальнейшую горькую участь своей паствы, он решил разделить ее со всеми, готовя себя к мученичеству. С установлением Советской власти в Киеве архимандрит Михаил все же сделал попытку официально зарегистрировать монастырь. По его указанию, монахиня Анна передала в исполком заявление с приложенным к нему списком на сто насельников, причем во избежание репрессий данные на лиц были во многом сфальсифицированы. Рядовых монахов для убедительности он записал священниками, монашеский стаж многим увеличил, молодым мужчинам и женщинам прибавил возраст. Все это было сделано для убеждения властей, что в монастыре в основном — старики. 30 декабря 1943г. во время богослужения в новом храме Всех Святых архимандрит Михаил (Костюк) был арестован вместе с двадцатью монашествующими, принимавшими участие в службе. В ночь с 8 на 9 января 1944г. были арестованы следующие девять насельников, и среди них братья Савицкие, Евгений и Павел. В ночь с 12 на 13 января 1944г. были задержаны еще пять насельников, и среди них иерей Иоанн Пустотин, служивший на Байковом кладбище. В "Постановлении на арест" арестованные обвинялись как "участники к/р церковно-монархической организации". В начале июля 1944г. им было предъявлено "Обвинительное заключение". Из "Обвинительного заключения" Михаила Костюка:
     "Организовал антисоветскую монархическую группу...
      Проводил антисоветскую пораженческую агитацию, "предсказывая" гибель
      Советской власти и установление на территории СССР царской монархии".
Но главное обвинение, предъявленное ему, — была
     "Тесная связь с представителями карательных органов немецких властей,
      от которых он получал задания выявлять советских партизан", Эти показания дал уже осужденный переводчик в гестапо, привезенный из лагеря на очную ставку с ним. Архимандрит Михаил виновным признал себя лишь в том, что,
     "Как руководитель тайного Киевского Ставропигиального монастыря,
      на протяжении многих лет лично проводил активную монархическую работу
      против Советской власти".
29 июля 1944 года первая группа обвиняемых была приговорена: к 8 годам лагерей — 5 человек, к 5 годам лагерей — 10 человек, к 5 годам ссылки — 3 человека, освобожден один человек. Монахиня Неонила (Попова-Мюллер) скончалась во время следствия 10 февраля 1944г. года. Арестованные из второй и третьей группы были также приговорены к 3–5 годам лагерей, кроме иеромонаха Петра (Савицкого) и архимандрита Михаила (Костюка). Архимандрит Михаил отказался подать прошение о помиловании и 25 ноября 1944г. был приговорен к расстрелу с конфискацией имущества и расстрелян, а иеромонах Петр (Савицкий), подавший соответствующее прошение — к 10 годам ИТЛ. Все проходившие по делу были реабилитированы