Февральская революция имевшая для России трагические последствия, особенно для армии, застала 151-й полк в Курляндской губернии. Началось неудержимое разложение армии. Положение полкового духовенства становилось день ото дня все хуже. В таких условиях деятельность полкового священника становилась бессмысленной, а пребывание в революционизированных войсках — небезопасным. Ничуть не лучше было и положение о.Сергия. 22 июня 1917г. он был переведен на священническую вакансию в 29-й полевой запасной госпиталь

Госпиталь располагался в Эстляндии, в г.Везенберге (Раквере). Здесь, как и на предыдущих местах своего служения о.Сергий своими качествами пастыря покорил сердца всех сотрудников госпиталя. Когда в 1918г. последовал приказ Народного Комиссариата об увольнении всего духовенства из военного ведомства, то госпитальный комитет решительно воспротивился этому и вынес решение об оставлении о.Сергия на службе в госпитале "по желанию всего состава служащих" с окладом жалования в 400 рублей. Недолго пришлось прослужить о.Сергию в госпитале, в феврале месяце Эстляндия была занята немцами, 22 марта госпиталь был расформирован и о.Сергий остался в чужой стране без средств к существованию. Положение усугублялось еще и тем, что новое правительство, взяв под контроль православное духовенство Прибалтийского края, не давало о.Сергию разрешения на выезд из страны на родину. Между тем его семья, жившая в Петергофе в прямом смысле слова голодала. Но когда к власти пришли в Эстонии большевики положение еще усугубилось, стала невозможной переписка с семьей. Войска Красной армии освободили Везенберг 16 декабря 1918г., через три дня о.Сергия арестовали