Он был арестован как представитель старого реакционного режима и как подозрительное лицо, находившееся в Эстляндии без определенного рода занятий. Вдобавок его обвинили, что он был причастен к формированию частей Белой гвардии северо-запада России. Никакого расследования по делу арестованного ЧК не производила. 20 декабря о.Сергий был допрошен, а 26 декабря было вынесено решение о его расстреле. "Считаю одно: вина моя, что я священник, в чем и расписываюсь", — заявил о.Сергий в конце своего единственного и краткого допроса, протокол которого занял всего одну страницу рукописного текста